在苏丹内战期间，厄立特里亚人民解放阵线 (EPLF)和埃塞俄比亚人民革命民主阵线 (EPRDF)都将当时与共产党德尔格紧密结盟的苏丹人民解放军 (SPLA)视为敌人。
在喀土穆的帮助下上台的厄立特里亚人民解放阵线和厄立特里亚人民革命民主阵线游击队都意识到，他们的苏丹盟友并不那么友好。然而，他们对喀土穆的敌意还是有一点不同的：在厄立特里亚问题上，喀土穆的敌意是公开而直白的，支持厄立特里亚圣战武装运动，厄立特里亚总统伊萨亚斯·阿费沃基迅速邀请苏丹人民解放军进入厄立特里亚，以报复苏丹。
埃塞俄比亚总理梅莱斯·泽纳维虽然对喀土穆的政策心存疑虑，但他还是试图对苏丹穆斯林兄弟会政权保持中立立场。泽纳维在苏丹军事入侵时进行了反抗——主要是通过帮助奥罗莫解放阵线 (OLF)叛军。他甚至在 1994 年发动了深入苏丹的“黑狐行动”，但后来 加密货币数据 在 1999 年将苏丹人民解放军驱逐出埃塞俄比亚。为什么？因为那时阿斯马拉、厄立特里亚和喀土穆之间的关系已经因1998-2000 年的埃塞俄比亚-厄立特里亚战争而发生了 180° 的转变。
随着战争的爆发，伊萨亚斯停止支持苏丹人民解放军，并决定向喀土穆示好。结果，梅莱斯让这些前游击队员回到亚的斯亚贝巴，此前他们于 2005 年 1 月与北方政府签署了所谓的“巩固和平协议”（CPA），从而“规范”了外交关系。然而，梅莱斯在对北方的礼貌和对南方的友谊之间保持了平衡。阿斯马拉的情况并非如此，随着其与美国的争执加剧，阿斯马拉与喀土穆的关系越来越深。厄立特里亚人支持当时在索马里与埃塞俄比亚军队作战的激进伊斯兰分子谢巴布，情况变得更糟。